我國特殊教育課程綱要演變過程可劃分為四個時代，依序為無課綱時代、舊課綱時代、新課綱時代與十二年國教課綱（李翠玲，2018）。
目前的特教課綱為 2019 開始正式實施的十二年國教課綱，強調普特融合，密切連結普通教育與特殊教育課程。而「特教課程計畫」是參考特教新課綱，用來詳細規劃和組織教學內容、方法、目標和評估方式。
然而特教老師在教學現場撰寫「特教課程計畫」時，會遭遇以下的困難：
一、「特教課程計畫」與「個別化教育計畫」功能重疊
特殊教育法施行細則第三十一條規定，特師需針對每位身心障礙學生訂定適性的「個別化教育計畫」，包含學年與學期教育目標、達成學期教育目標之評量方式、日期與標準，其中與「特教課程計畫」有許多重疊的部分。
而特教團隊合作均以「個別化教育計畫」做依據，字數卻高達上萬字的「特教課程計畫」，僅供上繳審查，卻對現場教學無實質幫助。
二、「特教課程計畫」與「個別化教育計畫」的階層
「特殊教育法施行細則」第 14 條提及特殊教育相關課程，課程內容應教導不同學習需求之學生進行合理調整；「十二年國民基本教育特殊教育課程實施規範」亦解釋身心障礙、資賦優異及身心障礙資賦優異學生的課程，需根據學生的「個別化教育計畫」進行調整，可見「個別化教育計畫」階層應高於「特教課程計畫」之上，因此當兩者功能重疊時，應以「個別化教育計畫」為主。
三、「特教課程計畫」與「個別化教育計畫」的對象
「個別化教育計畫」是針對特殊教育需求的學生量身訂做的計畫，而「特教課程計畫」是對象預先設定為同質、目標一致的學生團體，指導和規劃教學過程。並不能完全符合個別特生需要。
四、「個別化教育計畫」的目標更符合特生需求
目前的特教新課綱目標是以各階段普通班學生的能力為基準，再向下簡化為適合特生的目標，類似「減法」概念；而「個別化教育計畫」目標的訂定，是以特生本身能力為基準，評估個別需求，從旁提供必要的幫助，讓特生發揮潛能，直到能夠獨立完成，類似「加法」概念。
因此「個別化教育計畫」的目標，比「特教課程計畫」更能掌握各個特生的起點能力，也讓特師能針對特生的需求進行適性教學，如果硬性規定以「特教課程計畫」進行課程，反而失去教學彈性。
五、集中式特教班科目過多
以普通班為首的課程，備課範圍廣大且科目領域眾多，需要花大量的時間找出合適的內容、學生的能力落差大，各領域需要自編適合學生能力的教材，備課量造成許多特師負擔。（尤薏棋，2023）
六、集中式特教班缺乏生活化、主題式課程
特教新課綱設定的起點目標，是把普通班目標簡化而成，但是中重度特生起點能力可能未達國小標準，本應以生活情境作學習，然而新課綱以年齡階段劃分，並作分科教學，沒有生活化的主題統整課程，導致學生學習片段且零碎。
且由於特教新課綱的目標由普通班課綱簡化後，仍然太多太廣，特師只能從中挑選出某幾個適合的課程，造成低年級沒被選到的主題，因為未具備先備知識，到了中年級也不能教，導致年級越高、學習斷層越大，教學不連貫的現象。
七、「特教課程計畫」繳交時間的合理性
目前特教老師在每年五、六月就必須繳交下學年的「特教課程計畫」，導致特師無法先評估學生需求，就必須先決定課程內容。另外，到了八月如果學生人數因轉學有異動，資源班可能又要重新分組，之前預先繳交的「特教課程計畫」已不符合現況。
八、「特教課程計畫」編寫和審查的過程過於繁複
「特教課程計畫」各縣市規定的格式不一，有些地方的表格需詳列每週上課的內容。另外，設定每個目標時，都要分別修改學習表現和學習內容，才能合併為學習目標，編寫過程費時、費力。
國小集中式特教班因為屬於混齡教學，同一節課學生裡各個年級學生都有，必須從一到六年級之間個別找出目標。為了找到適合的目標，光是前後翻頁就耗損不少眼力和精神力。除了編寫困難，審查的過程也相當繁瑣，審查委員和特師之間，反覆往來修訂，有些縣市甚至要求特師參加課程審查會議親自作說明，造成特師極大的壓力。
先評估特殊生需要「學什麼」，而非先決定「教什麼」
總結來說，「個別化教育計畫」能針對個別特生需求設計，以多元化的形成性評量，觀察學生學習情況，適時調整教學，讓學生發揮最大的潛力；而「特教課程計畫」則是預設團體中起點能力和課程目標是一致的，也未具備適時調整的功能。
因此，我們應以「個別化教育計畫」評估各個學生需要「學什麼」，再決定「教什麼」；
而非本末倒置，先用「特教課程計畫」決定「教什麼」，才讓學生「學什麼」。
計畫的本質在於幫助個人或團體達成目的，應以協助老師的教學為主，當特師的文書負擔過重，且其中又有功能重複、無助於現場教學的繁複文書工作，將造成特師極大的困擾。
建議特教團隊應以「個別化教育計畫」為主，特師編寫後，會依據學生的學年學期目標進行教學，自然而然就會形成課程，故「特教課程計畫」並無存在之必要性，希望能讓特師從硬性的「特教課程計畫」鬆綁，而是以「個別化教育計畫」提供特生適性服務，更能滿足特生的需求。
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